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有性繁殖的典型细胞学特征就是行减数分裂。对于多数食用菌来说，有性繁殖的过程包括：细胞质融合一细胞核融合一减数分裂一担孢子这样的4个步骤。这个过程持续时间很长。细胞质融合后，核并不马上融合，而是呈双核状态行较长时间的营养生长，甚至在适宜的环境条件下，这种状态会无限延续。只有转入生殖生长后，形成子实体，才进行核融合和减数分裂，形成担孢子。从核融合到担孢子形成只需数小时就可完成。

在减数分裂过程中，遗传基因发生重组，大量的担孢子的产生，就产生了较多的变异个体。这为遗传学研究和优良品种的选育提供了大量的材料。

按初生菌丝的交配反应，可将食用菌的有性繁殖分为同宗配合和异宗配合两大类：

(1)同宗配合 由单一担孢子萌发生成的菌丝，不需要与其他担孢子萌发生成的菌丝交配，通过自身菌丝的生长或细胞结合，就能形成子实体，产生有性孢子担孢子。这种现象称同宗配合。如草菇和双孢蘑菇。

(2)异宗配合 由单一担孢子萌发生长的菌丝不能形成子实体和担孢子，必须与另一其可亲和的担孢子萌生的菌丝融合交配，形成异核双核体后，才能形成子实体，产生有性孢子担孢子。这种现象称异宗配合。大型真菌中约90％属于这种配合类型。

了解食用菌的有性繁殖特征，在实际生产中具有重要意义。同宗配合的种类，由于单孢子萌发生成的菌丝(初生菌丝)自交可孕，可以产生子实体，可用单孢选育法，选育优良品种。异宗配合的种类，由于单孢子萌发生长的菌丝(初生菌丝)自交不孕，就必须进行不同交配型的初生菌丝的杂交，杂交后形成的异核双核体才具结实性，才能进行出菇试验和以后的生产使用。

这里必须要指出的是，即使是同宗配合的种类，也不是任何一个单孢分离物都具出菇能力，张树庭和他的同事们，谢宝贵和他的同事们进行了多年草菇单核分离物的研究，出菇率仅 11％～69％，而且彼此之间的差异很大。双孢蘑菇也是如此，单孢分离物不出菇的比率也在20％以上。因此，同宗配合种类的单孢分离物也必须经出菇试验和各项检验后才能用于生产。