茄子贮藏过程中容易发生的病害主要有褐纹病、绵疫病和冷害等。

褐纹病和绵皮病的危害症状与田间果实受害时表现相同。但由于果实已经采收，不能再将农药直接喷到果实上、因此只能使用无毒药剂进行防治。可以选用克霉灵(0．01毫升／升的仲丁胺)、在贮藏后立即进行熏荧，用量为每千克茄子0．2毫升。窖藏或库藏时，如果2／3以上空间充满果实，可按每立方米30～40毫升使用。方法是用药液将布条、吸水纸等浸湿，然后均匀分布在筐、垛或堆之间，要避免药液与果实接触而产生药害。然后将窖、库密闭，12小时后打开即可，此外，目前也有些单位研制生产了一些保鲜片、保鲜纸及保鲜膜(袋)等，大家可以根据实际情况选用。

冷害的症状是果面产生小凹点，或呈水锈状即“锈皮”，锈皮起初为褐色斑点，随时间的延长而下陷，果皮变褐，种子发黑。预防冷害的方法是在外界温度低时注意保温，控制贮藏温度在10℃以上。