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食用菌的菌种分为三级，即母种(一级种)、原种(二级种)和栽培种(三级种)。

1．母种(一级种) 通过孢子或组织分离培养获得，并经鉴定为种性优良，遗传和生理性状相对稳定的在试管斜面上生长和保存的纯菌丝体。也有人称之为试管种。

2．原种(二级种) 由母种转接到天然基质(培养基)上经培养而成的菌种。这是菌丝体和天然基质的混合体。

3．栽培种(三级种) 由原种转接在天然基质(培养基)上扩大繁殖而成的菌种。栽培种也是菌丝体和天然基质的混合体。栽培种常作为栽培用菌种，或直接出菇。也有人称之为生产种。