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食用菌是一门应用技术，更是一门综合学科。食用菌生产是将食用菌生物学、生物转化(基质制备)技术和环境工程紧密结合而实施的学科。

食物菌生物学不仅仅指食用菌的栽培，而且涉及食用菌科学研究的方方面面，如分类、发育、营养、生理、遗传、药理、毒性、毒理、可食性等。

生物转化技术，是要制备适于各种食用菌生长发育，并获得高产优质的基质，将特定培养基质用于栽培的特定种类或品种，从而获得最佳生产效果。

环境工程是以对食用菌生长发育所需环境条件的分析为基础，设计食用菌生产的环境、设施、生产环节及其控制方法。如温度、湿度、光照和通风的调节控制。