淡水水域的出水植物多为C3类型，对增加CO₂的反应敏感，生物产量将增加，但淡水沼泽受N素限制，使其有机质的C／N比增高。咸水沼泽中 C4植物对增加CO₂反应不敏感，故增加CO₂浓度后，可促进C3植物向现在的C4植物的生境中扩展。

增加CO₂浓度，使水中溶解的CO₂呈线性增加，从而JCO-3的浓度也有一定增加，沉水植物可利用水中溶解的CO₂，有许多种还可利用HCO-3离子。增加大气中CO₂对不同水生植物促进的顺序为：水生被子植物>沉水维管植物与大藻>附生小藻>淡水浮游植物>海洋浮游植物。