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氮素是碳元素以外需求量最大也是最重要的营养要素。对食用菌最好的氮源是有机氮，有机氮普遍存在于各类培养料的材料中，以各种饼肥(花生饼、柿仁饼、豆饼、菜籽饼等)、麦麸、米糠、厩肥、豆粉等含量最丰富。食用菌还能吸收多种作物用的氮肥，如磷酸二铵、硫酸铵、尿素，对这三种化肥的吸收，以前两种较好。在有机氮和无机氮中，食用菌优先利用有机氮，无机氮中优先利用铵态氮。

菌丝生长期氮素的含量最适浓度为0.016％～0.032％。

在食用菌的生产中，表示培养料中含氮量常用的是碳氮比 (CAN)，碳氮比是栽培中配料的主要依据。多数食用菌播种时培养料的适宜C／N比值在30—40：1，出菇期的C／N比值17～ 20：1。食用菌栽培中的氮源主要来自有机氮。当加入化肥以提高氮含量时，要注意不可过多，否则影响出菇。有的菇种对碳氮比要求并不苛刻，在较少的含氮量条件下菌丝也可以很好的生长，草菇可以在CAN比值32～150：1下生长，香菇可在 150～300：1下生长。当然，在人工栽培条件下，我们应该按其生长发育适宜的碳氮比来配料生产。