卷丹、山丹等都能产生种子，可用于繁殖。秋季将成熟的种子采下，随即插于苗床。床土用4份菜园土和4份充分腐熟的堆肥，与2份河沙混合拌匀，并铺于苗床，厚约10厘米。播种后，盖厚约3厘米细土，再盖草。种子可在冬季分化生根，翌春出苗早而生长快。若延到第二年专季播种，则发苗较迟，而且种子发芽率低。春季出苗后，揭除盖草，进行间苗、追肥，秋季呵产生小鳞茎。小鳞茎再经4年左右培养，便可作种球用。此法培育种球，因时间长，种性易变，生产上一般少用。

百合种子实生苗是经有性生殖所得到子一代，同鳞茎的营养体繁殖所得到的后代有着本质的不同。高彦仪等1988年对兰州百合的研究，发现种子实生苗个体间存在着很大差异。一年生实生苗同期培养个体间抽生叶片的性状存在着极大的差异，最多的抽生真叶12片，而最少的仅抽生1—2片真叶；而真叶叶片的宽度、长度、厚度，实生苗个体间也各不相同。一年生百合种子实生苗经过一阶段的培养后，其鳞茎净重的差异也十分显著。据调查，培育9个月的实生苗有的单株鳞茎净重超过7克以上，而最轻的不足l克。而且从肉质根曲发育情况看出，有的个体肉质根发达，有的个体肉质根细弱。

以上一年生实生苗个体间存在差异的现象可为实生苗幼龄期选育优良个体提供生物学依据。从5年生实生苗个体选育中看到不仅在抽生叶片的多少、叶片的性状、鳞茎的重量与大小、值株生长势与生长速度等方面存在差异，而且在其它一些植株学性状上同样存在差异。如有的花瓣上分布密集的大的紫色斑点，花色鲜艳，而有的无紫色斑点，也有的介于二者之间，紫色斑点小，且分布稀而少。鳞茎形状有的呈高桩型，有的呈莲座状，也有的呈普通形状。生长过程也表现出有的实生苗个体抗衰老，茎秆—直保持生活状态，有的过不了夏季炎热，茎秆很早枯萎。

高彦仪等通过选择培育．选择出了表现较为突出的两个株系(85026和85066)，表现为鳞茎呈高校型，鳞辩大而肉厚，肉质根发达，鳞茎增重量较多，生长势强，茎秆抗衰老，花瓣分布的紫色斑点稀少。