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细菌污染可肉眼鉴别，细菌外观上不呈丝状，而是肉色、浅黄色、红色等各色黏稠状、圆形或不规则形的菌落，这便是细菌。造成细菌污染的主要原因有：

(1)灭菌不彻底 由此造成的污染出现比例高，菌落多污白色，不规则，常先沿管壁出现并扩展，而且出现较早，多培养2～3天就出现。

(2)接种操作带菌 接种操作带菌物主要是接种钩，一是灼烧灭菌不彻底，二是消毒酒精瓶内细菌过多，酒精浓度不够。这种污染常从接种物周围生出细菌，并在斜面的上半部同时出现。

(3)母种带菌 常先从接种块周围出现，并逐渐蔓延。

(4)真菌污染 真菌污染常表现为霉粉状的菌落，常呈现绿色、灰绿、褐色、黑色、橘红色、红色、灰褐色等各色菌落。主要有三个原因：

一是作为接种物的母种试管表面和管口处理不彻底，接种时还带有霉菌孢子。

二是作为接种物的母种表面的菌丝有轻度霉菌污染。

三是灭菌时冷凝水曾打湿棉塞，或分装时管口沾有培养基，培养环境大气相对湿度过高，通风不良。