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接种室和接种箱是接种操作的场所，必须保持高度无菌，这需要使用前的消毒处理和日常卫生的保持。常用的消毒方法有药物熏蒸、药液喷雾和紫外灯照射三种。三种并用时，效果最好。

(1)药物熏蒸消毒 接种室和接种箱都可使用。当用药物熏蒸接种室时，必须使用前一天进行。熏蒸用药物和用量为甲醛7～8毫升+高锰酸钾5克／米3。处理时，先关闭门窗，将称好的高锰酸钾放在大烧杯或盆内，然后屏住呼吸倒入甲醛，立即出室关门。高锰酸钾使甲醛迅速气化。甲醛对人的眼睛和呼吸道有强烈的刺激作用，因此，熏蒸12小时后必须用和甲醛量相等的氨水中和空气中的甲醛，以便接种操作。摆放氨水杯要在接种操作前3～5小时进行。也可使用气雾消毒剂进行空气消毒，使用方法参考产品使用说明书。

当接种室内使用接种箱进行接种操作时，接种室不需每次接种前都进行熏蒸消毒处理，这种熏蒸只作为定期处理即可，生产旺季一股每周处理一次，其他季节每月处理一次。

(2)药液喷雾消毒 接种操作开始前，用5％石炭酸液或煤酚皂化液(来苏儿)喷雾。这些消毒液除具杀菌作用外，还可降沉空气中的尘埃和杂菌孢子，净化空气，减少接种操作中的污染。

(3)紫外灯照射消毒 接种操作前，打开紫外灯消毒30分钟，如果使用普通紫外灯，关闭后必须隔40分钟，待臭氧散尽后才可入室工作。如果使用无臭氧紫外灯，关闭后可立即入室操作。紫外灯管使用超过2 500小时后，作用强度明显下降，要适当延长使用时间。有条件的灯管要定期更换，一股每使用4 000小时后更换。