肉眼检查主要是以症状为依据，如果同一尾鱼体并发两种以上的症状，就很难确定鱼患何病。还有的症状好几种鱼病都存在，如体色变黑、蛀鳍、烂尾、鳞片脱落、鳃丝分泌粘液增多等症状。在这种情况下，仅靠肉眼检查是不能确诊的，必须进一步用显微镜或解剖镜检查，方可作出进一步的诊断。一般肉眼不能看到的病鱼的症状或病原体，必须借助于显微镜或解剖镜来进一步诊断鱼。

镜检一般先要用目检来确定病变部位，然后再用显微镜作细微的全面检查。镜检的重点同样是鱼的鳃丝、体表、内脏等病变部位。检查方法：

先从患病部位取少量组织或粘液放在载波片上，如果取体表或鳃组织的粘液，应在载波片上滴加少量清水；如取得是内脏组织，应滴加几滴生理盐水（0.85％的食盐水），盖上盖玻片，从低倍镜到高倍镜依次观察。如果没有显微镜，也可以用高倍放大镜检查。

（1）体表检查

刮取体表少量粘液镜检。生长在体表的白点或黑色胞囊，压碎后放在显微镜下检查，可以看见粘孢子虫或吸虫的囊蚴。从整个病变部位或器官来说，显微镜检查只能检查到很少的面积，因此，每个病变部分或器官，最好要检查几个不同点的组织，一般至少检查三个不同点。

（2）鳃部检查

在载波片上滴加少量清水，取部分鳃丝涂于载波片上，用盖玻片压片观察。一般可见到鳃隐鞭虫、口丝虫、车轮虫、斜管虫、毛管虫、粘孢子虫、舌杯虫、三代虫、指环虫、血居吸虫卵等寄生虫。

（3）肠道检查

刮取肠壁粘液检查，但要分前中后三段肠管进行检查，可检查到肠袋虫、六鞭毛虫、复殖吸虫、线虫、球虫等。

必要时可进一步检查心脏、脑、眼睛、肾脏、胆囊、肝脏等器官。镜检的准确率取决于制片的技巧、显微镜使用和对各种病原体外部特征的识别。制片厚薄要适当，先用低倍镜找到病原体，然后再用高倍镜仔细观察，以识别病原体的类型。如在检查中发现某种寄生虫大量寄生，可确定为某种疾病，如有几种寄生虫同时寄生，可根据虫体数量和危害程度的不同来诊断。同时，还要根据病鱼的症状和水体环境等因素，进行比较和分析，找出主要病原体和次要病原体。