棉花苗期主要病害有立枯病、炭疽病、红腐病、猝倒病、黑斑病、茎枯病等，应采取综合措施防治。
    ●改良土壤 
    通过增施有机肥、推广秸秆还田、精耕细作等措施增肥地力，改良土壤，能有效控制苗期病害。实践表明，棉花秸秆还田还能提高棉田有机质和钾元素含量，抑制和减轻苗期病害发生。
    ●选用良种 
    选用抗病品种，同时用25克/升咯菌腈悬浮种衣剂包衣，能预防苗期病害。
    ●合理化除 
    播前每亩用48%氟乐灵乳油60～72毫升（地膜覆盖棉田每亩用50毫升），施药后混土。连年使用氟乐灵的棉田应更换其他除草剂，防止药害发生，加重苗期病害。使用90%乙草胺乳油，每亩用量控制在50～60毫升，在播后苗前施用，地膜覆盖棉田不宜施用。播前或播后苗前每亩用33%二甲戊灵乳油 66～100毫升，该药对阔叶草防效差，阔叶草多的田宜将其与其他药混用。72%异丙甲草胺乳油每亩用量为100毫升，播后苗前施用，土壤干旱时需浅混土。
    ●适期晚播 
    地温稳定在14℃以上时播种，今年气候反常，气温偏低，应比常年推迟5～10天播种。适期晚播能降低苗期病害发生，还能预防早衰和烂铃。
    ●加强田管 
    出苗前后加强以中耕松土为重点的田间管理，增温保墒，减轻苗病危害，雨后注意划锄。地膜覆盖棉及时放苗压土、堵漏洞，防止大风掀膜。病害严重地块早间苗（1叶1心期）晚定苗（3叶期后），确保苗全、苗壮。
    ●药剂防治 
    棉花苗期病害有2个发生高峰期，即棉苗1叶期和3叶期，应及时预防，通常每亩用85%三氯异氰尿酸可湿性粉剂35克加水喷雾。病害发生初期可用50%多菌灵可湿性粉剂、70%代森锰锌水分散粒剂、70%甲基硫菌灵可湿性粉剂500～800倍液喷雾。早期发生枯萎病可用新克黄枯等黄腐酸盐类叶面肥喷雾，增强植株抗病能力。用10亿个活芽孢/克枯草芽孢杆菌可湿性粉剂500倍液灌根，对苗期病害有较好的防效。