秋季，定点定时防止种子堆积升温。还要注意虫、鼠害的发生和预防工作，紫花苜蓿种子的收获时间，应当根据种子的成熟情况，即产量和品质以及收获时所用的机具来确定。
    一般认为，待90%～95%的荚果变成褐色时，可用大型收割机。而用小型的农机具来收割，可待荚果有70%～80%变成褐色即可收获种子。紫花苜蓿种子刈割后应马上捆成小捆，进行干燥。收割时紫花苜蓿种子应在无雾、无露水的晴朗天气里进行，机械行速不能太快。收获的种子在入库之前，一定要注意检查种子的湿度。在我国北方地区，种子湿度超过13%要进行干燥处理，同时，要进行清选、分级，除去杂质紫花苜蓿种子在贮藏期间，还必须进行经常检查。