由于冬季低温的蔓延，所以大棚蔬菜最容易发生病害。大棚蔬菜育苗也是防止病害的一种方法。
    1.床土消毒 为防止土壤带菌传病，床土应选择5年内未种过同科蔬菜的大田壤土，忌用菜园土。与之混配的有机肥一定要经过高温发酵处理，充分腐熟。床土配好后要进行消毒处理，常用的方法有两种：一是按1千克福尔马林对水100千克喷洒1立方米床土，塑料膜盖严密闭4～5天后，耙松放气，让药充分发挥，两周后使用；二是药土拌种。用50%的多菌灵可湿性粉剂或70%的甲基托布津可湿性粉剂8～10克与10～15千克的细床土拌匀，将2/3的药土撒在床面上，播种后用另外的1/3作为盖土，采用下铺上盖的方法。
    2.种子处理 常用的方法有三种：一是温汤浸种法，用50℃～55℃温水浸种15～30分钟，二是药剂浸种，三是药剂拌种，拌种前种子一定要晾干。
    3.苗床管理 一是掌握适宜的种植密度，防止过密造成秧苗拥挤；二是注意保温、防冻，防止苗床温度过低；三是播种前要浇透底墒水，出苗后控制苗床的湿度，防止浇水过多、过勤。湿度过大时可撒草木灰或干土降湿；四是在保证苗床温度的情况下适当早揭晚盖草苫，以延长光照时间；五是经常通风换气，降低空气湿度，减少有害气体对秧苗的危害。
    4.药剂防治 当发现病苗时及时拔除，并喷杀菌剂防止病害蔓延。综合防治大棚病害是保证蔬菜品质的重点之一。