玉米苗变紫色最常见的原因是由缺磷而引起的。有极少数杂交种的幼苗即使不缺磷也呈紫红色。还有个别杂交种就是在缺磷的情况下，幼苗也不表现紫红色症状。一般缺磷植株高度低于正常植株，这是判断杂交种玉米是否缺磷的重要方面。　
    玉米苗变紫色的原因是有很多种的，正常苗颜色应该为绿色的玉米品种，幼苗颜色发紫，主要是因为体内糖代谢受阻，叶片中积累的糖分较多，并因此形成大量的花青素苷，使植株带紫色。药害、虫害、栽培管理不当等不利于玉米苗生长、会使玉米苗体内糖代谢受阻的因素，都可能导致玉米苗颜色发紫。