棉花苗期是棉花生长中最难成活的一个时期，在这个时期里，做好管理才是最重要的。  
    由于苗期是以生长为主，即长根、茎、叶为主的时期，棉花长势比较弱，抗逆能力差，且棉花苗期常伴有低温、干旱、病虫害等自然灾害，如管理不慎，容易导致棉田缺苗断茎，影响棉花的壮苗早发。所以棉花苗期应分类采取相应措施，即要预防低温冻害，又要防止高温烧苗，加强管理，及早查苗、补苗，千方百计保全苗、育壮苗促早发，为夺取全年棉花生产奠定丰产基础。    
　　苗期管理的目标是加强管理，在确保全苗的基础上，狠抓早管，注意改善生长发育环境，促使根系发达，达到壮苗早发。主要应做好以下五方面工作：    
　　1、播后及时查苗，发现烂芽、烂籽，应及时补种。
　　2、适时间苗、定苗，育壮苗。棉苗出齐后，应及时进行疏苗、间苗，防止棉苗拥挤，造成苗欺苗。间苗可分两次进行，第一次在齐苗后，留壮苗，拔弱苗、病苗。第二次在１～２片真叶时进行。定苗在三叶期，此时茎秆基部已木质化，抵抗不良环境能力增强。根据品种特性和水肥条件确定留苗密度（一般情况下每亩留苗旱地瘠薄地3000—4000株，中等肥力2500—2800株，间套棉田2000株以上，松散形 大株型品种棉花要稀植，紧凑形小株型品种可稍微密植）确定株距进行定苗。定苗原则是：留壮去弱、留大去小、去病、去弱，个别缺苗处留双苗。   
　　3、中耕松土，增温保墒。苗期中耕不仅能破除板结，清除杂草，减少蒸发与病虫危害，促进棉苗根系发育，达到壮苗，促使早发。一般苗期应结合天气情况中耕2--3次，第一次在子叶期，结合间苗。早中耕可提高苗根周围地温，促进根系早发并增加吸收能力，使真叶早出，增强幼苗抗逆性。这次中耕深度４～５厘米。第2-3次中耕时已进入６月份，气温上升，根系已较强大，地上部分生长加快，深中耕可散表墒，促根下扎，并控制节间，在较肥的棉田更显重要，中耕深度 5—10㎝。天旱时应浅锄保墒，天雨较多时，应深锄放墒增温。
　　4、追肥、灌水。棉花苗期一般不需追肥灌水。但对底肥不足或地力本身瘠薄，棉苗长势差，明显脱肥的田块，可在雨后或灌水前每亩追施尿素6—10斤。凡是补种补栽的棉苗，要肥水给予补充，促小苗赶大苗，促弱苗转壮苗。浇水要小水轻浇，采用隔行沟灌为好，浇后要及时中耕保墒。   
　　瓜棉套种的田块，应在西瓜收获后，及时清理瓜蔓中耕灭茬，施肥灌水，适时适量进行化学调控，防治病虫害，育壮苗促早发。 
    棉花苗期的管理关系到棉花未来的生长，所以以上的四个要素是要做好管理的。