解决油菜发生菌核病的特效农药有很多，但是我们要注重时期，抓住防治油菜菌核病的关键时期。一般喷药2次，掌握在初花期用好第1次药非常重要，7～10天后用好第2次药，2次药后若遇连续阴雨天，还应设法用好第3次药。为保证防病效果，用药时一要坚持对足水量50～60千克；二要坚持喷粗雾，从花到基部茎秆都要处处喷到，使植株外表形成药剂保护层。喷药时在保证药液喷洒植株各部位的前提下，重点喷洒植株中下部茎叶。常用药剂：40%五氯硝基苯可湿性粉剂有效成分 2625克/公顷，兑水150～300千克，于发病初期拌土撒施根部附近；70%甲基托布津可湿性粉剂有效成分750～937.5克/公顷,兑水 600～750千克，每7～10天喷雾1次，共喷两次；50%乙烯利菌核可湿性粉剂有效成分562.5～750克/公顷，兑水750～1125千克，于发病初期，每7～10天喷雾1次，共3～4次；40%多菌灵悬浮剂或25～50%可湿性粉剂有效成分562.5～937.5克/公顷，兑水750～1125 千克，于盛花期和终花期各喷1次；50%扑海因可湿性粉剂有效成分500～750克/公顷，兑水750～1125千克，于盛花期和终花期各喷1次；50% 速克灵可湿性粉剂，有效成分225～450克/公顷，兑水750～1125千克，于盛花期和终花期各喷1次；或50%咪鲜胺锰盐，40克兑水20千克喷雾。在油菜盛花期，摘除植株中下部的黄叶、老叶和全株的病叶，并将摘下的叶片带到田外处理。 
    需要注意的是，油菜菌核病病菌已普遍对多菌灵类药剂产生了抗性，使用菌核净、腐霉利、使百克、万霉灵（乙霉威）、敌力脱（丙环唑）单剂及其复配剂等效果较好，同时也应选用早熟、抗病、优质高产的油菜品种。