玉米顶腐病的出现，对玉米的产量有一定的影响，所以，选择农药防治是关键。对未包衣的玉米种子，播前用种子重量0.3%的75%百菌清可湿性粉剂或50%多菌灵可湿性粉剂或15%三唑酮可湿性粉剂等药拌种，对玉米顶腐病有较好的预防作用。拌种时将药剂加适量水喷在种子上拌匀，堆闷4-8小时后播种。对发生顶腐病的玉米田，应在发病初期用58%甲霜灵·锰锌可湿性粉剂300倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或75%百菌清可湿性粉剂500倍液喷雾。最好使用背负式喷雾器，将喷头拧下对准病株心叶从上至下喷灌，每株喷药液 50-100毫升。药液中最好加入适量锌肥。