水稻苗床病害及时选农药来防治。已发生立枯病的苗床，要在发病初期及时进行药剂防治。推荐使用30%恶霉灵·甲霜灵水剂，对水3000倍液，每平方米喷2~3公斤，喷施后要及时洗苗，防止药剂烧苗；97%恶霉灵粉剂，每平方米1克对水浇灌；AA级水稻可提前使用2%氨基寡糖素水剂预防，每平方米5毫升加适量水苗床喷雾。
    防治水稻苗床绵腐病，可在发现中心病株后，及时用25%甲霜灵可湿性粉剂800～1000倍液，或硫酸铜1000倍液，均匀喷施。此外，每亩撒施草木灰15～25公斤，也有一定的防治效果。
　　另外，对发生生理性病害和药害的水稻苗床，可在使用上述杀菌剂时，适量添加植物生长调节剂如芸苔素内酯，来提高秧苗素质，缓解病害和药害。