防治百合病害要在选用无病种茎、清沟沥水的基础上，施药防病。在杀菌剂中以波尔多液比较好。波尔多液是一种良好的保护剂，在百合染病之前，施用植株表面上，防止病菌侵入而预防病害的发生。一旦植株重病在身则治疗效果差，所以施药要早，不要等病害大发后才用药。事实上病入膏肓才用药，一般杀菌剂都无济于事。因此，百合出苗后要开始用波尔多液，一般15天左右一次，或每次雨后转晴用药一次。如果用药间隔期太长，则给病菌以可乘之机，最终达不到预期的防治效果。 
    因时因天选用合适的浓度。原则上幼苗期硫酸铜的用量要酌减，浓度要降低，成苗期硫酸铜用量可适当增加，浓度可适当高一些。目的是为了提高防治效果，又避免产生药害。波尔多液的配制比例和配制方法有不同的方式，如1:1:100（硫酸铜:生石灰:水）称为100倍等量式波尔多液，根据具体情况，水量可以增减，原料比例也可以改变。如幼苗期，一般使用1:1:200或1:1.5:200的浓度，成苗期使用1:1:150或1:1.5:150的浓度。各地可根据实际情况摸索出适合当地的配比和浓度。 
    选用正确的配制方法并随配随用。先用少量水化解生石灰成浓的石灰乳，大部分水用于溶解硫酸铜溶液，然后慢慢地把硫酸铜溶液倒入石灰乳中，同时加水不断搅拌，到全部混合均匀为止。波尔多液应随配随用，以免放置时间久了逐渐沉淀、颗粒变大、出现结晶而变质。