大棚栽培的环境条件与露地不同，危害番茄的病虫害种类也不同，主要发生的病害有叶霉病、灰霉病、早、晚疫病及病毒病和根线虫等。农药防治如下：
    对于叶霉、灰霉病，可用50％的速克灵可湿性粉剂1000倍液喷施植株，或50％复方多菌灵胶悬剂500倍喷施植株。对早、晚疫病，可喷打扑海因、瑞毒霉或百茵清，7—8天一次。对于病毒病，除了上面说的搞好种子消毒外，管理上应防止接触传染。对于白粉虱等虫害，可喷打扑虱灵乳油1000倍液，或50％敌敌畏乳油1000倍液，或40％乐果乳油1000倍液，有较好的防效。