无公害菜椒病虫害采取农药防治措施如下：
　　1、播种前至播种期的防治 
    ⑴调整种植结构，合理轮作倒茬。避免与瓜类、茄果类蔬菜连作，可与十字花科甘蓝、大白菜；百合科的大葱、大蒜等实行三年以上轮作。 
　　⑵选用抗病品种。 
　　⑶苗床消毒。可用50%多菌灵1∶100毒土1.2千克/平方米撒施或用75%甲基托布津10克/平方米加少量土混匀撒施或每平方米用绿亨1号1克对水300倍，在播种前或播种后均匀喷洒于床内或将绿亨1号1克对过筛细土15～20千克，配成毒土，将1/3的毒土撒在苗床内，余下2/3的毒土播种后盖种。 
　　⑷药剂拌种。每1千克种子用绿亨1号1～1.5克与50%福美双可湿性粉剂3～4克或绿亨3号8～10克拌种，拌后随后播种。 
　　⑸药剂浸种。用10%磷酸三钠液浸种30分钟或100倍福尔马林浸种30分钟或50%多菌灵500倍液浸种2小时。 
　　2、播种至定植期 
    ⑴选用75%甲基托布津600～800倍液或75%百菌清1000倍液防治立枯病；72.2%普力克水剂5～7.5毫升/平方米喷苗床防治猝倒病，兼治彩椒早疫病、炭疽病等。 
　　⑵在苗床期每亩用克病灵500～800倍液、或病毒A可湿性粉剂400倍液喷雾，防治病毒病。每隔7天喷一遍，连喷3次。均能收到良好效果。 
　　3、定植至结果期用50%避蚜雾或10%吡虫啉5克/亩对水40千克防治蚜虫，兼治棉铃虫；交替使用DT乳剂400毫升/亩，或用棉铃虫核型多角体病毒悬浮剂50～60毫升/亩防治棉铃虫，兼治烟青虫，蚜虫。在枯萎病发病前和发病初期用绿亨1号3000倍液灌根，或绿亨2号600倍液或绿亨8号1500～2000倍液，或青椒安2号500倍液喷雾或灌根，每隔7～10天用1次，连续2～3次，兼治其它病害。对病毒病可用植病灵1000～1500倍液，或用病毒A600倍液，或用2%中南霉素300～400毫升/亩喷雾，效果显著。