地膜棉在肥料施用上需注意很多点，因为他是一项保温、保肥、抗灾、增产行之有效的得力措施。但是，在大面积应用地膜植棉技术过程中，也存在一些技术上的不够成熟之处，纵观前面所述，肥料施用失误是主要问题，其原因表现在如下几个方面：一是覆膜之前，一次性底肥施得过多，无论是农户积造的农家肥料或是饼肥，无论是高效复合肥料或是单质氮素肥料，施用量过多，都会使棉田供肥高峰与棉花营养生长高峰相遇，导致棉花旺长，表现在棉花现蕾盛期，功能叶（即主茎倒数第4片叶）宽度超过15厘米，赘芽较多，滋长很快，中后期棉田透光性较差，诱发病害烂铃；二是底肥施用不足，中后期缺肥饿苗。或者因旱未能及时施用底肥，棉花长势滞后；三是中期棉花旺长后，没有抓紧施足桃肥，致使棉花后期虚脱；四是有的只重视底肥，忽视追肥，造成供肥出现断档；五是在盖膜的操作技术上，有的盖膜不严或者打孔放苗或者打孔栽苗时孔洞过大，遇上大雨就会削弱保肥能力。  
    为了充分发挥覆盖地膜在棉花增产上的作用，减少和防止施肥出现技术失误，应在棉花播种之前及早采取预防措施。首先，要提高底肥用量。覆盖地膜的棉花，由于膜内生态条件的改善，肥料利用率大大提高，一般土壤养分消耗要比露地直播棉多15%~20%，因此，底肥施用量要相应增加 20%~30%，如腐熟的农家肥每亩应施4000公斤左右，生物有机复合肥亩施75公斤左右，高含量的复合肥亩施40公斤左右，并配施钾肥20公斤左右。其次，要适墒施好底肥。无墒或缺墒施用底肥肥效果很差，适时适墒施用底肥效果好。但要掌握底肥与追肥的比例，一般底肥与追肥的比例以6：4为好，肥力较差的棉田，底肥与追肥的比例可调整为7：3，底肥中不可忽视钾肥，棉花单株结桃3~5个之后，切记要施足桃肥，不能结了棉桃却饿了棉苗。三要讲究盖膜、追肥方法。盖膜时，一应适墒盖膜，二应将地膜边沿扎严，不能露缝隙，三应打小孔放苗或栽苗，及时用细土将地膜孔边沿的薄膜盖严。追肥时，一应追肥时间比露地直播棉提早10~15天，二应在两株棉花间打孔追施化肥，三应在棉花盛花期彻底揭去薄膜再结合中耕深施肥料。