冬小麦种肥施用可稳提抗性，种肥最需要的是磷肥。麦苗对磷肥的需要十分迫切，对于磷肥的反应敏感，苗期又是磷素营养的临界期，此时如果供磷不足或严重缺磷，既会出现苗弱和苗不齐。在遇到干旱和寒冷时，还有冻死苗的问题；而过了苗期，以后即使再补施磷肥也不能弥补此时所造成的损失。
    因此，种肥适宜的养分配比要以磷为主，配施少量的氮。肥料品种可选复合肥或单质肥。如西北和华北麦区常用的种肥品种有磷酸二铵，在二元复合肥中磷酸二铵和硝酸磷肥都可以用；而长江中下游麦区，最常用的种肥品种是低浓度的过磷酸钙和适量硫酸铵为宜。但尿素、碳酸氢铵和氯化铵等都是不宜做种肥的。由于种肥适宜的养分配比是磷多氮少，通常不要选用高氮复合肥作种肥，以免引起苗不旺或烧苗问题。
    种肥施用量多少为合理呢？种肥的用量不能多，要掌握少而精的原则，提倡精量施用。磷酸二铵以5公斤/亩为宜，虽然它数量不多，但可以起到“四两拨千斤”的作用；过磷酸钙以8公斤/亩为宜；硫酸铵不要超过5 公斤/亩为宜。
    最后，种肥的施用方法和施肥的位置同样很重要，无论采用机播方式还是畜播方式，种肥都不能直接与麦种接触，要将化肥施在麦种的斜下方两三厘米处，使麦种与常规化肥隔开才安全。