中量元素肥料的土壤施用量与氮磷钾肥施用量大致相当，甚至更多，而微量元素肥料的土壤施用量较少，例如多数大田作物亩施用量，硫酸锌只有1~2公斤，硼砂只有0.5~1公斤。果树和蔬菜等经济作物高一些，一般每亩也不超过3~5公斤。所以多在播种或移栽前将微肥与潮干土或腐熟有机肥混拌均匀后，与基肥一起沟施或穴施。另外，多数微肥与磷肥混拌后会形成难溶性物质，相互降低肥效，所以两者不要混合在一起施用。