青贮饲料在调制和利用时普遍存在二次发酵问题，令饲养户深感头痛。二次发酵使已发酵好的青贮饲料轻则养分减少，重则变成肥料失去饲用价值。二次发酵是在开封后从青贮饲料与空气接触时开始的，所以要根据养畜的头数和采食量，决定开口的大小，开口要尽量小点。已经发生二次发酵的青贮饲料，又一时吃不完，应把上层已发热的青贮饲料装到密封的塑料袋中，尽快饲喂用掉，对下层的青贮料按每平方米用0.5～1升丙酸喷洒表面，上面覆盖塑料布，可有效抑制其二次发酵。