稻瘟病病菌主要以菌丝体或分生孢子在病谷和病稻草上越冬，成为次年初侵染源。干燥时分生孢子可存活半年至1年，病组织内的菌丝体可存活1年以上；潮湿时经2-3个月便死亡。导致水稻穗颈瘟发生的原因，首先是要有充足的菌源，但最主要的因素是抽穗扬花期的气候条件。如果抽穗扬花期降雨多、湿度大，气温降低到20℃以下，并持续1周左右，病菌就容易侵入引起发病。目前生产上应用的水稻品种对穗颈瘟的抗性都不是很高，但选用对穗颈瘟抗性相对较好的品种有利于减轻穗颈瘟的发生。

    防治穗颈瘟最重要的措施是在水稻破口抽穗期用药预防。通常穗期发病的菌源主要来自叶瘟，所以应控制叶瘟大流行。在叶瘟发生初期及早施药控制发病中心，并对周围稻株或稻田施药保护，以后根据病情发展及天气变化决定继续施药次数。一般可隔3-5天施用一次，共施1-2次。播种前用咪酰胺等药进行种子处理，能杀灭种子携带的稻瘟病菌。