各种新鲜家畜粪尿和垫圈材料混合形成的肥料，需要在堆积过程中通过微生物的作用，腐熟分解成为作物可利用状态的养分和腐殖物质。这样的有机肥才适合施用，堆腐关键是要及时，常用堆腐有机肥的方法有四种。
       1、疏松堆积法：将起圈的新鲜牲畜粪尿疏松堆积于积肥场地，堆积过程中保持通气良好。在高温条件下，牲畜粪尿腐熟分解快，在短时期内，可以制出腐熟的有机肥，但氮素等养分损失较大。
       2、紧密堆积法：从圈内起出的牲畜粪尿，在积肥场地一层层地堆积起来，边堆积边压紧。如果太干，可加适量水以保持湿润，肥堆的高度以1.5米至2米为宜， 待堆积完毕，用泥土把肥堆封好，温度一般保持在15℃至35℃。采用这种方法腐殖质积累较多，氮素损失较少，大约经过3个至4个月后，有机肥可达半腐熟状 态，6个月以上才能完全腐熟。
       3、疏松紧密交叉堆积法：采用疏松紧密交替堆积，既可缩短有机肥的腐熟时间，又可减少氮素损失。把新鲜有机肥在圈外疏松堆积约一米高，不压紧，以便发酵。 一般在2天至3天后肥堆内温度可达60℃至70℃，以后还可继续堆积新鲜有机肥，这样一层层地堆积，直到高度2米至2.5米为止。用泥土把肥堆封好，保持 温度，阻碍空气进入，防止肥分损失和水分大量蒸发。一般1个半月至2个月就可达到半腐熟状态，经过4个月后就可完全腐熟。
       4、ETS菌群快速处理法：将准备腐熟的有机物料（主要是动物排泄物及植物秸秆等废弃物的混合物，混合物含水率最好约50%--60%）摊开，然后撒入腐 熟剂，按照10公斤腐熟剂（或者采用木美土里复合微生物肥料1袋也可）对应4方有机物料的比例进行撒施。有条件的地方最好进行简单翻倒，以保证腐熟剂可以 均匀拌入有机物料。完成以上步骤后，堆垛，垛高约0.5--1米，堆垛完成后以与地面45度斜度插入温度计。每天早晚各观察一次，如温度超过60℃持续2 天，则需进行翻倒。待有机物料无臭味、堆垛温度降至40℃以下后可以堆大垛，备用（一般前后约需30天左右）。      

      未腐熟的农家肥的危害
       “冷粪果木热粪菜，生粪上地连根烂。”未经腐熟的农家肥使用后会有很多问题。
       1、未经腐熟的农家肥往往含有大量的病菌虫卵，容易引起果树根系病虫害，而且还会污染环境。
       2、未经腐熟的农家肥养分多呈有机态，不容易倍果树吸收，会造成肥料是损失。
       3、农家肥在土壤中经过微生物分解和发酵时，会产生大量的热量，容易烧伤果树的毛细根。
       4、农家肥在土壤中经过微生物分解和发酵时会吸收大量的氮素，造成果树短期缺氮。
       5、农家肥在土壤中经过微生物分解和发酵需要一个过程，造成肥效滞后，与果树生长节奏和需肥时期难以一致，起不到施肥的目的，甚至造成不利影响。