棉花苗期病害主要有根病和叶病两大类。
　　
　　1.根病类⑴立枯病。⑵炭疽病。⑶红腐病。
　　
　　2.叶病类⑴黑斑病。⑵茎枯病。⑶角斑病。⑷苗期枯萎病。
　　
　　棉花苗期病害是多种病原菌的复合侵染性病害，有时从症状上很难区别，只有分离其病菌才能确诊。棉花苗期病害要以防为主，培育壮苗早发、消灭种子和土壤中的病原，控制病害发生。
　　
　　其技术措施为：适期播种，当5厘米地温稳定在15℃时，足墒播种。播后遇雨，天晴后及时中耕破除板结，增温保墒。尽量减少种子在土壤中的萌芽时间，促使根部早日木质化，减少感病机会。出苗后，叶部病害发生时，可喷洒50%多菌灵800倍液，或70%甲基托布津1000倍液。