采收当金针菇长到15至16厘米长,菌盖内卷呈半球形、直径1至1.5厘米时,即可采摘。一手按住瓶、袋口或菇床,一手轻轻握住菇,从培养基质上拔下,基部切除干净,放在适合的容器里。瓶栽产量每瓶100至180克。
分级金针菇采收后即进行分级,分级标准如下。
一级菇菌柄长15厘米、菌盖直径约在1厘米以下,内卷、白色(或菇体三分之二白色、三分之一淡黄色),圆整、无畸形菇、无腐烂变质、无病虫害。
二级菇菌柄长13厘米、菌盖直径约在1.5厘米以下。菌盖内卷、菇体白色(或菇体二分之一白色、二分之一为淡黄色或金黄色)、圆整、无畸形菇、无病虫害、无腐烂变质的。
三级菇菌柄长短于6厘米或长于20厘米,菌盖直径不超过2.5厘米,菇体金黄色或淡咖啡色,并且无畸形、无病虫害、无腐烂变质。
保鲜与加工金针菇的保鲜可采用抽真空后低温(4摄氏度)保藏,时间为25至30摄氏度。另外,也可制成清水罐头、烤成干品和进行盐渍加工。