棉子壳由棉籽取仁后留下的壳和附在壳上的短棉绒以及少量碎棉仁组成。棉子壳含丰富的氮、磷、钾、纤维素和木质素，碳氮比为79-85:1，偏碱性，外松内实，透气性好，蓄水性强，是食用菌栽培的上等原料。但棉子壳中含有毒物质，经高压或常压灭菌后，会释放出醛、酮、酸类毒物，这些有毒物会抑制菌丝生长，推迟现蕾，造成菇形小、菇质差等不良后果。特别是棉子壳内的棉仁含量过高时，发菌会受严重影响，因为棉仁中含有棉酚，含量超过3%时会抑制菌丝生长，达到5%时可使菌丝停止生长。用棉子壳栽培食用菌，棉仁的含量不能过高，棉绒不宜过长，碎棉仁过多时应过筛后使用，而且棉子壳要新鲜，色泽以灰白色或雪白色为好，棉子壳要在烈日下晒1-2天，喷洒敌敌畏，堆闷1-2天后再使用。如果用棉子壳生料栽培平菇，需事先发酵，使料堆温度达65℃以上，发酵4-5天，这样可以杀死料内的病菌、虫卵，分解释放游离棉酚。