接种后，为使菌丝迅速定植，并向形成层蔓延，必须将菇木堆叠起来．经常采用的堆叠形式有“井”字形、“屋脊”形、“鱼鳞”形等。在比较潮湿的场所，通常采用“井”字形和“屋脊”形，堆高1.5－1.6米，下部用石头垫底，距地面20厘米左右，上面用枝叶、草帘等覆盖。每隔1－2天喷水一次，每周翻堆一次，把段木调换一下位置。这个阶段以保持堆中温度为主，促使菌丝定植生长。

接种后10－15天，检查菌种恢复成活的情况。如果接种穴内菌种的白色菌丝已向周围的木材中蔓延，则说明菌种已成活定植。如因干燥等原因造成的死穴，30天内可以补种。当检查接种成活之后(一般在接种后15－20夭)，就可以去掉塑料薄膜，堆上覆盖一层茅草即可，并把菇木堆叠在比较空旷通风的场所。这阶段主要以保湿管理为主，以促进菇木中菌丝向纵深蔓延。在这个阶段，每隔10－15天必须进行一次翻堆，将菇木上下调换一下位置。

这一阶段是香菇段木栽培过程中最关键的阶段，其时间也较长，从3月底到11月份，约有6个月左右。这期间香菇菌丝在菌材中生长蔓延，分解木材并积累养分。这期间的管理主要是使菇木保持适当的水分，特别在连续干旱炎热的日子里，每隔2－3天喷水一次，每次喷淋l－2小时。